Hoshizora lahir dari rasa kepedulian beberapa Mahasiswa Indonesia yang mendapatkan beasiswa di Jepang terhadap situasi pendidikan di Indonesia. Bersyukur menerima manfaat dari beasiswa yang diterima, timbul rasa ingin berbagi dan memberikan manfaat serupa untuk anak-anak Indonesia yang datang dari keluarga pra-sejahtera. Hoshizora diambil dari dua kata bahasa Jepang yaitu Hoshi (bintang) dan Zora (langit) yang ketika digabung memiliki arti langit yang berbintang. Ini adalah harapan kami agar setiap anak mempunyai cita-cita setinggi langit dan berjuang untuk meraihnya.

Hoshizora resmi dibentuk pada tanggal 2 Mei 2006, bertepatan dengan Hari Pendidikan Nasional. Di awal berdirinya, donasi dikumpulkan dengan menyisihkan uang makan siang mahasiswa Indonesia di Jepang. Satu kali uang makan siang di Jepang sebesar seribu yen (100 ribu rupiah) didonasikan untuk membantu biaya pendidikan satu anak Indonesia selama satu bulan. Dari hal sederhana ini, dukungan semakin bertumbuh dan lahirlah program beasiswa pertama Hoshizora dimana penerima beasiswa (adik asuh) dinamakan Adik Bintang dan pemberi beasiswa (donor) dinamakan Kakak Bintang.